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土地转让合同效力的认定不仅关系着土地交易关系的稳定和当事人权益的保护，而且关系到房地产市场的有序发展。因此，根据合同法的规定,结合社会现状和法律实践,只要在向人民法院诉讼前,符合法律/行政法规规定的条件,不存在合同法第52条规定的无效合同的情形,应当认定合同有效。
1、在司法实践中应准确适用《房地产管理法》第39条的规定。该规定指出，以出让方式取得的土地使用权的，转让房地产时，应当符合按照合同已经支付全部土地出让金，并取得土地使用证书;按照合同约定进行投资，属于房屋建设工程的完成开发投资总额的25%以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或其他建设用地条件。
房地产管理法作为行政性法律，其调整规范的主要是房地产开发经营行为，特别是第二个转让条件，仅仅是从行政管理角度，规定转让不符合转让条件的，不得办理土地使用权权属变更登记手续。但可以通过瑕疵担保责任制度和违约责任制度对对受让人进行救济，作为民事合同法律关系，不能因为转让的标的物有瑕疵而认定合同无效，标的物能否转移在逻辑上直接影响的是其能否依约定履行转移标的物的合同义务，不能因为其按约定转让义务，就否认合同的效力。
最高人民法院在未达到卡法条件订立转让合同有一个修正过程。2005年《最高人民法院公报》第七期发布的权威案例，专而改采有效的观点。在2004民一终字第46号民事判决书中指出：关于开发投资的问题指出1995年房地产管理法第38条规定的是对土地使用权转让合同标的物设定的关于物权变动时的限制性条件，转让的土地没有达到25%的投资，属于合同标的物的瑕疵，并不影响合同的效力。同时最高人民法院2004民一他字第18号明确指出，当事人虽然没有交情土地出让金，但已经取得土地使用证证书的，其与他人签订的房地产转让合同可以认定有效。
2、仅仅取得土地使用权代用证的土地转让合同效力的司法认定。
根据人民法院一贯的审判实践来看：订立转让合同时，没有取得土地使用证，应当认定合同无效，除非转让方在特定时期之前取得土地使用证或经有批准权的人民政府批准。2005年《国有土地使用权合同解释》第9条也有明确规定。该司法解释界定，起诉前转让方取得土地证书的应当认定有效。
3、没有取得土地使用权证书订立的土地使用权转让合同效力的认定
一般而言，出卖人出卖标的物应当对该标的物具有处分权，理论和司法实践中，出卖他人之物的合同有三种观点：一是无效说;二是效力待定说;三是合同有效说。
买卖合同司法解释第3条规定：当事人一方以出卖人在缔约时对标的物没有所有权或者处分权为由主张合同无效的，人民法院不予支持。出卖人因未取得所有权或者处分权致使标的物不能转移，买受人要求出卖人承担违约责任或者要求解除合同并主张损害赔偿的，人民法院应当支持。该解释采纳了有效说。
债权形式主义的物权变动模式之下，债权合同效力的发生并不直接引起物权变动的法律效果，物权变动法律效果的发生，需以生效的债权合同与交付或登记行为为前提。
最高人民法院2009民再审4号判决书中指出：土地转让权合同纠纷案件中，土地使用权转让合同的转让方未取得土地使用权证书，起诉前有批准权的人民政府同意转让的，应当认定有效。转让方将一地数卖，均没有办理变更登记手续，又没有合法占有投资开发土地的，先行支付土地转让款的受让方请求转让方履行交付土地和办理土地使用权证的合同义务的，应予支持。