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农村土地使用权流转进入市场化模式，在市场经济的宏观调控下，需要遵循以下四个原则，只有这样才能实现资源的优化配置，同时提高农村生产的积极性。
1.优化配置原则。这是土地使用权流转的首要原则，因为土地流转机制构建的主要目的是通过扩大土地经营规模，实现适度规模经营，从而提高土地的资源配置效率。因此任何方式的土地流转与集中都必须立足于土地资源的优化配置，有利于土地资源与其他生产要素的有效组合。
2. 市场机制与宏观调控相结合原则。一般而言，市场机制是土地资源的主要流转机制，但单靠市场机制难以达到土地流转优化配置的目标，这不仅仅是由于市场机制运行本身的局限与缺陷，而且农户家庭在市场机制作用下进行土地流转的原则与目标，呈现出明显的不一致性和矛盾性;况且土地流转市场机制对土地资源的优化配置是以完全性竞争为前提的，这个前提条件在我国大多数地区尚不具备。因此，为了弥补市场机制的不足，为农户进行微观土地资源配置创造良好的外部环境，政府应运用多样化手段进行宏观组织与监控协调。微观的市场机制与宏观上的组织调节应是土地流转的双重机制。
3.我国地域辽阔，土地的自然因素和所处的社会经济条件表现出强烈的地域性差异，农村社会生产力发展水平也不尽相同，参差不齐;人地比例关系、非农产业发展水平、区域经济基础、农民思想观念等方面的差异，也直接制约着土地流转的方式与效果，由此决定了在不同地区采取完全相同的流转方式显然是不恰当的。只有因地制宜，区别对待，才能充分发挥不同地区土地资源的最大潜能。
4.自愿互利原则。土地流转的主要任务是实行适度规模经营，但在实际土地流转过程中，必须充分尊重农民意愿和切身利益，不过分依赖行政强制手段，坚决防止和纠正强迫农民进行土地流转。同时，宏观组织协调应与市场机制相结合，坚持互利原则，不能以侵犯农户产权利益、挫伤农民生产积极性为代价实现土地流转目标。